Khi Kaiser Wilhelm II được đưa ra hoạt động cùng hạm đội vào năm 1900, nó tiếp nhận vai trò soái hạm của hạm đội và giữ nhiệm vụ này cho đến năm 1906.[6] Kaiser Wilhelm II được phân về Hải đội 1 thuộc Hạm đội Nhà (Heimatflotte), có sự tham gia của các tàu chị em khác.[7] Lúc 01 giờ 30 phút ngày 2 tháng 1 năm 1901, tàu chị em với Kaiser Wilhelm II là Kaiser Friedrich III va phải một chướng ngại vật ngầm dưới nước khi cả hai đang trên đường từ Danzig đến Kiel; chấn động mạnh do va chạm làm hư hại các nồi hơi và bùng phát một đám cháy tại các hầm chứa than của Kaiser Friedrich III. Kaiser Wilhelm II phải kéo chiếc tàu chị em, mặc dù đám cháy được dập tắt và động cơ của Kaiser Friedrich III được khởi động trở lại nhiều giờ sau đó. Các con tàu về đến được Kiel, nơi việc sửa chữa tạm thời được tiến hành.[8]

Vào tháng 9 năm 1902, một loạt các cuộc cơ động hạm đội tại Bắc Hải và biển Baltic được tiến hành. Kaiser Wilhelm II không trực tiếp tham gia cuộc tập trận, thay vào đó nó phục vụ như là tàu thị sát của Tư lệnh hạm đội, cũng như của người mà nó được mang tên, Hoàng đế (Kaiser) Wilhelm II của Đức.[9] Vào năm 1905, Kaiser Wilhelm II được phân về Đội 2 thuộc Hải đội 1 cùng chung với chiếc tàu chị em Kaiser Karl der Grosse và chiếc thiết giáp hạm mới Mecklenburg. Hạm đội Nhà lúc này còn bao gồm một đội ba thiết giáp hạm khác thuộc Hải đội 1 và hai đội ba thiết giáp hạm khác thuộc Hải đội 2. Chúng được hỗ trợ bởi một Hải đội tuần dương bao gồm hai tàu tuần dương bọc thép và sáu tàu tuần dương bảo vệ.[10]

Đến năm 1906, vai trò soái hạm hạm đội của Kaiser Wilhelm II được thay thế bởi chiếc thiết giáp hạm mới Deutschland.[11] Khi các thiết giáp hạm dreadnought được đưa ra hoạt động vào năm 1910, Kaiser Wilhelm II tổng cộng đã phục vụ cùng với hạm đội đến mười năm, khi nó được cho ngừng hoạt động.[7] Đang khi nằm trong thành phần lực lượng dự bị, nó được điều sang Hải đội 5 của Hạm đội Dự bị cùng với bốn chiếc tàu chị em cùng lớp và chiếc Wettin.[12]

Chiến tranh thế giới thứ nhất

Khi Chiến tranh thế giới thứ nhất nổ ra vào tháng 8 năm 1914, Kaiser Wilhelm II và các tàu chị em được đưa trở lại phục vụ và được điều động về Hải đội Chiến trận 5. Chúng được phân nhiệm vụ phòng thủ duyên hải tại khu vực biển Baltic, cho dù chỉ làm nhiệm vụ này trong khoảng thời gian rất ngắn. Đến tháng 2 năm 1915, một lần nữa chúng được rút khỏi hoạt động và đưa về dự bị.[7] Sau đó Kaiser Wilhelm II được cải biến thành một sở chỉ huy nổi cho Tư lệnh Hạm đội Biển khơi (Hochseeflotte) tại Wilhelmshaven. Con tàu được bổ sung thiết bị vô tuyến hiện đại dành cho Tư lệnh sử dụng khi hạm đội ở trong cảng.[13] Theo những điều khoản của Hiệp ước Versailles sau khi chiến tranh kết thúc, Hải quân Đức bị cắt giảm sức mạnh đáng kể.[14] Kaiser Wilhelm II được rút khỏi đăng bạ hải quân vào ngày 17 tháng 3 năm 1921, rồi được bán để tháo dỡ. Cho đến năm 1922, Kaiser Wilhelm II và các tàu chị em đều bị tháo dỡ lấy sắt vụn. Biểu trưng trước mũi tàu hiện đang được trưng bày tại Bảo tàng Lịch sử Quân sự Liên Bang ở Dresden.[5]